Հայ Ավետարանական եկեղեցին կազմավորվեց 1846թ. հուլիսի 1-ին՝ Կ.Պոլսում և կոչվեց «Հայաստանյայց Ավետարանական եկեղեցի»:
Հայ Ավետարանական եկեղեցու 170 տարվա պատմությունը հաստատում է, որ այն քրիստոնեական հավատքի, աստվածային սիրո և աստվածապաշտության հավաքականություն է, որի առաքելությունն է՝ նվիրվածությունը Աստծուն, քրիստոնեությանը, հայ ժողովրդին և Հայրենիքին: Առաջնորդներն են՝ Հիսուս Քրիստոսը, Աստվածաշունչ մատյանը և հայոց հոգևոր անսպառ ժառանգությունը:
Առաջին աշխարհամարտի նախօրեին ավետարանական հայերի թիվը Օսմանյան կայսրությունում կազմում էր ավելի քան 60 հազար:
Մեզ մոտ՝ Արևելյան Հայաստանում, Հայ Ավետարանական առաջին շարժումը սկսվեց 1823թ.-ին՝ Շուշիում, որի արդյունքում, ավետարանականների անմիջական նախաձեռնությամբ, բացվեցին դպրոցներ, հիմնվեց տպարան և աշխարհաբար արևելահայերենով հրատարակվեցին հանրամատչելի կրոնական գրքեր: Այնուհետև դպրոցներ բացվեցին մի շարք գյուղերում:
1918-30թթ., Արևելյան Հայաստանում կային հազարավոր Հայ Ավետարանական քրիստոնյաներ: 35 համայնքներն ունեին եկեղեցիներ կամ աղոթատներ, կիրակնօրյա դպրոցներ, հոգևոր հովիվներ:
1930-ից Խորհրդային Միության տարածքում հալածվեցին նաև Հայ Ավետարանական համայնքներն ու եկեղեցիները, որով էլ սահմանափակվեց նրանց գործունեությունը: Միայն մի քանի տեղերում շարունակվեցին գործել Հայ Ավետարանական եկեղեցիներ:
1994թ. հուլիսի 1-ից, Հայ Ավետարանական եկեղեցին Հայաստանի Հանրապետությունում պաշտոնապես վերագրանցվեց «Հայաստանյայց Ավետարանական եկեղեցի» անվանումով և ստացավ իրավաբանական անձի կարգավիճակ:
Այսօր Հայաստանյայց Ավետարանական եկեղեցին ունի 11 հոգուց բաղկացած հոգևոր խորհուրդ, որը ղեկավարում է Հայաստանի և Արցախի Հայ Ավետարանական եկեղեցիների ընդհանուր ծառայությունները: Կան մոտ 40 եկեղեցիներ և աղոթատեղիներ, 30 հոգևոր առաջնորդներ, որոնց մի մասը ձեռնադրյալ հոգևոր հովիվներ են: